給料から住民税が天引きされるが副業分は給料から天引きされないのか？

 給料以外の副業分は天引きしないです

三郷市の説明がわかりやすい。

http://www.city.misato.lg.jp/item/1395.htm

市民税・県民税は、原則として全ての所得を合算して年税額を算出します。例えば給与所得の他に不動産所得（例、家賃収入）や雑所得（例、保険契約等に基づく個人年金）がある時は、特別徴収（給与から差引き）とは別に普通徴収（自分で納付）とする事があります。

あなたの場合、会社から特別徴収されているのは、年税額のうち給与所得分のみです。したがって、不動産所得や雑所得を加えて算出した年税額から給与所得分にかかる税額を引いた差額をお支払いしていただくために普通徴収分の納税通知書をお送りしました。給与所得以外の所得分も全て含めて、市民税・県民税を給与から差引きする場合には、確定申告の際に給与所得以外の所得分も給与から差引きする旨の申告をお願いします。